El laboratorio de aguas de Ingeniería Ambiental tiene como misión el análisis eficiente del recurso hídrico mediante pruebas fisicoquímicas, buscando apoyar diversos proyectos de investigación en la UFPSO así como ayudar en la concientización de las personas y entidades que influyan de manera directa o indirecta en este recurso.
El laboratorio de aguas de Ingeniería Ambiental se propone como un laboratorio líder en el análisis fisicoquímico de aguas, tanto a nivel investigativo y académico dentro de la UFPSO como a nivel de la provincia de Ocaña y sus alrededores, buscando mejorar la calidad del agua mediante la concientización de los diferentes entes.