El laboratorio de aguas de Ingeniería Ambiental tiene como función principal el análisis fisicoquímico de aguas, buscando con ésto el apoyo de diversos proyectos de investigación dentro de la UFPSO así como ayudar en la concientización de los diferentes entes que tienen incidencia en el uso y conservación del recurso hídrico.
El laboratorio de aguas de Ingeniería Ambiental está en proceso de formación, con el fin de cumplir con ciertas normas que reglamentan el desempeño de esta clase de laboratorios. Se busca entonces que todas las pruebas fisicoquímicas que se realicen estén de acuerdo con el Decreto 475 de 1998 el cual reglamenta las normas técnicas de calidad del agua potable, siguiendo los protocolos establecidos para tal fin en el Standard Methods for the Treatment of Water and Wastewater; por otra parte, se tiene como objetivo importante la acreditación del laboratorio cumpliendo con la Norma ISO 17025.