La Ley 87 de 1993 establece normas para el ejercicio del Control Interno en las entidades y organismos del Estado, razón por la cual la Universidad Francisco de Paula Santander Ocaña, crea la Oficina de Control Interno, mediante Acuerdo No. 117 del 18 de diciembre de 1995, como un Sistema Integrado para medir la eficiencia, eficacia, economía y organizar en conjunto los planes, métodos, principios, normas, procedimientos y mecanismos de verificación y evaluación adoptados por la Universidad, todo con el fin de procurar que todas las actividades, operaciones y actuaciones, así como la administración de la información y los recursos, se realicen de acuerdo con las normas constitucionales y legales vigentes dentro de las políticas trazadas por la dirección y en atención a las metas u objetivos previstos.
No obstante el Decreto 1537 de 2001, reglamenta parcialmente la Ley 87 de 1993, en cuanto a elementos técnicos y administrativos que fortalezca el sistema de control Interno y precisa el rol que debe cumplir la oficina de control interno en la institución.
Es así como en el Decreto 1599 de 2005, adopta el Modelo Estandar de Control Interno, para el estado colombiano y la institución da cumplimiento a todos estos requisitos mediante actos administrativos que le permiten cumplir con los objetivos y la misión institucional.
En este sentido la oficina de Control Interno cumple un papel importante como responsable del Componente de Evaluación Independiente, y como asesor, evaluador, integrador y dinamizador del Sistema de Control Interno con miras a mejorar la cultura organizacional y, por ende, a contribuir con la productividad de la Universidad.